Aquesta remodelació que duu a terme el president Puigdemont és precipitada pel cessament el 4 de juliol del conseller d’empresa Jordi Baiget pels seus dubtes sobre la celebració del referèndum. A més de Baiget, deixen el govern la consellera de presidència i portaveu Neus Munté, substituida per Jordi Turull; Meritxell Ruiz, consellera d’Ensenyament, substituida per Clara Ponsatí i el conseller d’Interior, Jordi Jané, substituit per Joaquim Forn. El dia 4 ja s’havia produït l’entrada de Lluís Puig per substituir Santi Vila, que havia assumit la cartera de Baiget.
La Fiscalia es querella contra el President Puigdemont i la resta de membres del Govern de la Generalitat
La Fiscalia presenta una querella davant l’Audiència Nacional contra el MHP Carles Puigdemont i la resta de membres del Govern de la Generalitat (Oriol Junqueras, Joaquim Forn, Jordi Turull, Raül Romeva, Clara Ponsatí, Josep Rull, Antoni Comín, Dolors Bassa, Meritxell Borràs, Lluis Puig, Carles Mundó i Meritxell Serret) pels delictes de rebel·lió, sedició i malversació. La querella també es dirigeix contra Santi Vila, que havia dimitit abans de la declaració d’independència.
El vicepresident Oriol Junqueras i els consellers que no es troben a Bèlgica declaren davant de la magistrada del Jutjat d’Instrucció Central, Carme Lamela
El vicepresident Oriol Junqueras i els consellers que no es troben a Bèlgica (Joaquim Forn, Josep Rull, Jordi Turull, Raül Romeva, Dolors Bassa, Meritxell Borràs, Carles Mundó i Santi Vila) declaren davant de la magistrada del Jutjat d’Instrucció Central Carmen Lamela, tot i que les defenses havien demanat més temps per preparar les compareixences. La magistrada dicta presó preventiva sense fiança per tots ells menys per a Vila, per qui dicta presó sota fiança de 50.000 euros. Lamela justifica la presó perquè aprecia risc de reiteració delictiva, de destrucció de prova i de fuga. Junqueras, Forn, Rull, Turull, Romeva, Mundó i Vila ingressen a la presó d’Estremera, que Vila abandona l’endemà després de pagar la fiança. Bassa i Borràs ingressen a la presó d’Alcalà Meco. El magistrat del Tribunal Suprem Pablo Llarena accepta les peticions de les defenses de Forcadell i els ex-membres de la Mesa (Lluís Corominas, Lluís Guinó, Anna Simó, Ramona Barrufet i Josep Nuet) i endarrereix les seves compareixences fins al 9 de novembre.
Pablo Llaren assumeix la causa contra el president Carles Puigdemont, la resta de membres del Govern, Jordi Sànchez i Jordi Cuixart
El magistrat del Tribunal Suprem Pablo Llarena assumeix la causa contra el president Puigdemont i la resta de membres del Govern (Oriol Junqueras, Joaquim Forn, Jordi Turull, Raül Romeva, Clara Ponsatí, Josep Rull, Antoni Comín, Dolors Bassa, Meritxell Borràs, Lluis Puig, Carles Mundó, Meritxell Serret i Santi Vila), Jordi Sànchez i Jordi Cuixart seguida davant de l’Audiència Nacional i l’acumula a la causa contra Carme Forcadell i els ex-membres de la Mesa (Lluís Corominas, Lluís Guinó, Anna Simó, Ramona Barrufet i Josep Nuet). Més endavant reclama també al Tribunal Superior de Justícia de Catalunya les diligències prèvies que se segueixen contra els ex- membres del Govern en relació a l’organització del referèndum. La magistrada de l’Audiència Nacional Carmen Lamela manté la causa contra Josep Lluís Trapero i la intendent del Mossos d’Esquadra, Teresa Laplana.